除了代辦股份轉讓的公司的股份、股份報價轉讓試點公司的股份，對其他未上市股份有限公司的股份，法律、法規和其他全國性規範文件目前並沒有強制性規定要在證券登記結算機構存管。但有的地方政府規定，當地的未上市股份有限公司的股份要在當地政府指定的託管機構託管。多數未上市股份有限公司的股份並沒有在專門的場外交易市場​​交易，這些股份根據《中華人民共和國公司法》的規定，以股東名冊記載和向股東交付的股票形式體現，不要求在證券登記結算機構存管。這些雖然也是“未上市證券”，但實際上尚未納入《證券登記結算管理辦法》第二條規定的“未上市證券的登記結算業務”的範圍。不過，如果這些“未上市證券”要進入專門的場外交易市場​​交易，則可能納入範圍。

目前從事的“未上市證券的登記結算業務”主要包括：
一、代辦股份轉讓的公司的股份　
《證券公司代辦股份轉讓服務業務試點辦法》第二十七條規定：“股份轉讓公司已確認的可進行股份轉讓的股份應當託管在登記結算機構。”
二、股份報價轉讓試點公司的股份
《證券公司代辦股份轉讓系統中關村科技園區未上市股份有限公司股份報價轉讓試點辦法》第十七條規定：“主辦報價券商取得協會備案確認函後，園區公司應在股份掛牌報價轉讓前與證券登記結算機構簽訂證券登記服務協議，辦理全部股份的集中登記。”